废菌包中含有丰富的菌丝蛋白、多糖及其他营养成分，随意丢弃或堆放不仅浪费资源，还会造成霉菌和害虫滋生。为了充分利用废菌包，已初步总结出几种高效利用途径。
一、栽培其他菌类。
将金针菇、杏鲍菇、海鲜菇等食用菌工厂化生产企业生产的废菌包晒干粉碎后，添加30%的麸皮等新原料，重新制作菌包，可以栽培平菇、秀珍菇等常规食用菌品种，既节约生产成本，又可以增加生产效益。
二、加工畜禽饲料。
工厂化栽培食用菌，周期短，养分利用不彻底，加之培养料中富含大量的菌丝蛋白和氨基酸，将那些菌丝生长洁白，培养料未被污染的废菌包及时晒干粉碎，添加到饲料中（占20%左右）喂牛、羊、猪等畜禽动物，不仅可以降低养殖成本、减少疾病，而且可以提高养殖的经济效益。
三、制作有机肥料。
食用菌废菌包含有丰富的营养成分，而且质地疏松，经过隧道发酵等特殊的加工工艺，加入畜禽粪便以及氮、磷、钾等矿物质营养，经过造粒装袋，就是优质有机肥料，在蔬菜大棚中施用，不仅可以起到改良土壤、提高蔬菜品质、增产增效的效果，而且肥效持久，经济实惠；也可用在花卉种植中，作为花卉苗圃、花盆的养花基肥，使花卉的土壤结构、通气性、保水能力有所改善，长出的花草枝繁叶茂，花朵艳丽，且成本低。
四、作为灭菌燃料。
金针菇、杏鲍菇、海鲜菇等食用菌的废菌包可以直接装入锅炉中，代替煤炭，作为燃料使用，既节约了煤炭成本，同时也解决了废料造成的环境污染问题。此外，采用先进加工工艺还可以将食用菌废菌包制作成活性炭，既可以变废为宝，又可以节能环保。
五、开发育苗基质。
由于废菌包主要成分是木屑、棉籽壳、玉米芯等农副产品下脚料，质地疏松，营养丰富，而且经过高温灭菌环节，不含杂菌等有害物质，是优质的蔬菜、花卉育苗基质，而且还可以直接做育苗覆土材料，覆盖在种子上可以降低或消除根腐、猝倒等病害。
六、规模饲养昆虫。
食用菌废料集中堆沤，适当增加湿度后可饲养大量的蛴螬、蚯蚓等昆虫，用这些昆虫作饲料喂养鱼、鳖、肉鸡等，不仅可以节约大量的饲料投资成本，同时饲养的鱼鳖及肉鸡等个大体肥，营养价值较高。
七、作为沼气原料。
由于食用菌废菌包中富含木屑、棉籽壳、玉米芯等原料营养物质丰富，纤维素及木质素等难溶性物质被降解，为沼气细菌长期繁殖提供了良好的基础，与直接利用稻麦秸秆相比，不仅可以缩短投料前的准备时间，还能缩短发酵时间升高换料工作量，原料分解和转化效率更高，大大提高产气率。沼渣还可用于育秧，沼液可用于浸种，也可作为猪饲料添加剂。
食用菌废菌包营养丰富，加工后二次使用价值显著。
近年来，合肥立新菌种场培训基地，从节约资源、保护环境等角度出发，在废弃菌包的处理工作中进行了诸多有益的尝试，为循环利用食用菌产业资源、拉长食用菌产业链条，促进食用菌产业持续健康发展开辟了一条条崭新的途径。
